药监部门在执法检查时经常会遇到涉及药品运输工具的案件，有时是交通、交警部门在检查中发现移送的运输大宗非法药品的车辆，有时是运输小宗非法药品的自行车、摩托车等。对于此类案件，通常需要违法行为人将药品运送到药品监督管理部门，然后通过调查取证再对药品和相关资料采取查封、扣押，之后进入相应的行政程序。但对当事人使用的运输工具的处理，执法人员经常会产生分歧。如果将其放走，违法行为人将货物弃置不顾，那么案件的查处和执行必将陷入僵局；若将其扣押或者进行先行登记保存，法律又没有明文规定，势必侵犯当事人的利益。

根据《药品管理法》第六十五条第二款规定：“药品监督管理部门对有证据证明可能危害人体健康的药品及其有关材料可以采取查封、扣押的行政强制措施，并在七日内作出行政处理决定。”但是法律条文中并未规定药品监督管理部门有查封、扣押运输非法药物的运输工具的权利，根据“法无明文规定不处罚”的原则，药品监督管理部门不得查封、扣押有关的运输工具。

而根据《行政处罚法》第三十七条第二款规定：“在证据可能灭失或者以后难以取得的情况下，经行政机关负责人批准，可以先行登记保存。”实施“先行登记保存”措施是行政机关收集证据的一种方式而不是行政机关对当事人采取的强制措施，“先行登记保存”的证物，必须是与违法行为有直接必然关联的物品，能够证明行政违法案件真实情况的客观事实。而运输非法药品的车辆并不是案件中直接必然关联的物证，因为在贩卖非法药品的行政案件中，是否运输不是必然的要件，对运输非法药品的车辆也不适合采取先行登记保存的措施。

对于此类情况，执法人员在详细登记非法药品的同时，可以在调查笔录中详细记录运输车辆和驾驶人员的具体情况，并和交警或交通部门联合调查，通知相关部门及时掌握该运输车辆的情况，防止违法行为人逃逸。