为适应中医药工作的形势，经中央编办批准，国家中医药管理局对局机关各部门主要职能、内设处室和人员编制进行了调整。8，即：办公室（财务司）、人事教育司、政策法规与监督司、医政司、科技司和国际合作司。

办公室（财务司）下设综合处、秘书处、规划财务处和新闻办公室。人事教育司下设人事处和教育处。政策法规与监督司下设政策法规处和监督处。医政司下设一处和二处。科技司下设中医科技处和中药科技处。国际合作司下设亚美多边处和欧大非洲处。机关党委下设直属机关党委和纪委办公室