灾后防疫是当前抗震救灾工作的重要任务之一，卫生系统把地震灾区卫生防疫作为当前工作的重中之重，目标是大灾之后无大疫。

6月2日上午，卫生部办公厅副主任、新闻发言人毛群安接受中国政府网专访，并就“灾区医疗救治和卫生防疫”与网民在线交流时进一步表示，灾区卫生防疫工作力争做到“三个保障、四个重点”。其中，“三个保障”指人员保障、卫生防疫用品的保障以及防疫工作的组织保障。“四个重点”指防疫工作要围绕着重点人群、重点区域、重点疾病和重点环节所采取的一些重要措施。

据介绍，目前在整个灾区从事卫生防疫的专业人员有16112多人，并已经实现了卫生防疫人员的灾区全覆盖。县、乡、村已经都有专业的卫生防疫人员在指导和开展防疫工作时，确保用于消毒、杀虫的药品，以及用于卫生防疫的疫苗和目前灾区群众、抗震救灾官兵以及志愿者们健康用品的保障。

毛群安特别表示，综合灾区在发生地震之前历年来传染病发生情况，比如肠道传染病、甲肝、霍乱、痢疾等，还有通过蚊子等虫媒所传染的疾病等，卫生系统不但需要监测疫情，而且要采取一些主动的强化免疫措施。比如，四川省从6月1日起对灾区一些儿童和易感人群进行甲肝和乙脑的疫苗接种，就是防止相关疫情的发生。

同时，要做好灾区传染病疫情的监测和报告工作，卫生部现在要求灾区的每一个监测点都要每天报告监测的情况，没有发生疫情的要进行零报告。截至目前，已在成都、德阳、绵阳、广元和阿坝州5州市14个重灾县区发放疫情报告专用手机486个，使212个乡镇实现通过手机报告疫情，其中都江堰市、什邡市、绵竹市、安县、平武县、青川县、汶川县和理县基本实现疫情报告全覆盖。

对地震遇难人群的遗体和地震中死亡畜禽的尸体进行无害化处理。“现在专家在技术上已经拿出了比较完整的工作方案标准和操作规范，灾区正在按照这些标准进行操作”。

此外，在饮用水安全、食品安全等方面，卫生系统都做了相关部署。