有些止痛药含有非那西丁成分，而非那西丁可引起肾乳头坏死、间质性肾炎，甚至诱发肾盂癌、膀胱癌，还可引起溶血性贫血，并对视网膜有一定的毒性，长期服用还可造成药物依赖。

还有些止痛药含有氨基比林或异丙安替比林，这两种成分会引起粒细胞减少，可降低机体免疫力，极易感染；氨基比林还被证实有致癌作用，对肝肾均有毒性，在一些发达国家已限制或禁止使用。阿司匹林用于止痛药由来已久，但也可引起消化不良、胃部不适甚至胃出血；有时长期不易觉察的小量胃出血可导致严重的贫血；阿司匹林还有诱发哮喘发作的危险。

止痛药主要是通过抑制前列腺素合成而发挥作用的，而前列腺素及其代谢产物是血小板流动、凝血过程必需的物质，所以止痛药也有抗凝作用。如果孕妇滥用阿司匹林等药物，凝血功能就会受到影响，可导致产程中或产后大出血。