2006年国家相继出台了多项医药行业调控政策，整个药品生产经营企业的经营环境产生了重大变化，潜江制药也遭受了历年来最为严峻的考验，虽然实现主营业务收入148128万元，同比增长82.60%，但全年却亏损8662.01万元。

这种情况在今年一季度仍没有得到改善，一季度潜江制药亏损额为374.3万元，净利润下降了784.68万元，同比降幅达到893.89％，下降的主要原因为公司控股子公司新疆新特药民族药业有限责任公司今年盈利有所下降。