为贯彻落实《国务院关于发展城市社区卫生服务的指导意见》，加强对社区卫生服务的监督管理，推动社区卫生服务的可持续发展，卫生部妇社司委托有关单位开展了社区卫生工作管理制度相关研究，并于2008年1月16日正式发布《社区卫生工作管理制度（试用稿）》（以下简称《管理制度》），社区管理由此进入有章可循阶段。

《管理制度》由“区（市、县）社区卫生服务管理部门监督管理制度”、“社区卫生服务机构内部运行管理制度”和“社区卫生服务机构业务管理制度”三部分组成，为社区卫生服务机构的准入监督、人员聘任、财务监管、绩效考核、行政管理、药品监管等各个方面的管理建立起了规范制度。

对于作为居民健康“守门人”的社区卫生服务机构而言，社区首诊和双向转诊是其基本的运转方式。《管理制度》对这两方面的工作做出了具体的规定：社区卫生服务机构首先接诊的科室为首诊责任科室，接诊医师为首诊责任人。首诊医师对病人进行初步诊断，并做出相应处理，不允许任何推诿或变相推诿现象。《管理制度》还规定，社区卫生服务机构至少要与一家大型医院建立双向转诊关系，签订协议，制定实施方案和服务流程，并设专人负责，确保转诊渠道通畅。因病情需要转院治疗的病人，严格按照双向转诊制度执行。

此外，社区卫生服务机构还需主动加强与上级医院的沟通，及时掌握上转病人的诊断治疗情况，做好转诊病人的追踪服务工作。对转回社区的诊断明确、病情稳定或康复期病人，应及时提供连续的健康管理和医疗服务。

健康档案是社区卫生服务机构开展工作的重要基础。《管理制度》规定，社区卫生服务机构应与居民签订《社区家庭健康服务合同》、建立家庭及个人健康档案，履行合同条款，开展分类、分层的连续性健康管理和健康教育，提供主动上门服务、追踪随访。健康档案包括家庭健康档案、个人健康档案。家庭健康档案每户一份，个人健康档案每人一份，以家庭为单位成册。

社区卫生服务机构还应为辖区内重点人群（老年人、妇女、儿童）、弱势人群（孤寡老人、残疾人、低保户）、慢性非传染性疾病病人建立健康档案。健康档案应及时收集、及时记录、统一编号、归档保管，每年至少随访记录4次，进行动态管理。

社区卫生服务机构在处理突发公共卫生事件上应担负相应的职责。卫生部分析认为，2008年全国突发公共卫生事件的总体强度、频率、类别与2007年相比不会发生大的变化，可能呈季节性高峰。学校是突发性公共卫生事件的高发场所，尤以乡中小学为主。《管理制度》规定，社区卫生服务机构应制定突发性公共卫生事件应急预案，发生或可能发生传染病暴发、流行的重大食物和职业中毒事件，发生不明原因的群体性疾病，发生传染病菌种、毒种丢失的应在2小时内向所在区县卫生行政部门报告。

社区卫生服务机构突发性公共卫生事件应急预案的启动应听从政府统一指令，服从统一指挥，提供医疗救护和现场救援，书写完整病历记录，并协助转送病人，采取卫生防护措施，防止交叉感染和污染。

上海交通大学鲍勇教授认为，卫生部发布的《管理制度》是一个最基本的、原则性的文件，是为各地《社区卫生工作管理制度》打下基础，各地应根据实际情况继续完善，制定适合本地社区卫生事业发展状况的管理制度。