本公司的历史可以追溯至成立于1966年的黄岩县海门镇日用化工厂，企业性质为集体所有制，注册资本为97,337元。黄岩县海门镇日用化工厂划分为黄岩县海门日用化工厂和黄岩县海门日用玻璃厂，前者是本公司的前身。1980年12月，黄岩县海门日用化工厂更名为浙江省海门区化工二厂。

1981年12月，浙江省海门区化工二厂更名为椒江市化工二厂，注册资本增至 17.90万元。截止1989年5月，注册资本增至115.99万元。1992年3月，注册资本再增至414.90万元。1995年4月，椒江市化工二厂更名为台州市椒江化工二厂。1997年7月到1998年5月，台州市椒江化工二厂由集体企业改制为有限责任公司，并更名为浙江台州海翔医药化工有限公司，注册资本为359.72万元。 2001年8月，注册资本增至3,000万元，公司更名为浙江海翔医药化工有限公司。2003年发生一系列股权转让。

2004年5月，经浙江省人民政府企业上市工作领导小组浙上市【2004】16号文《关于同意变更设立浙江海翔医药化工股份有限公司的批复》批准，公司整体变更为浙江海翔医药化工股份有限公司，注册资本8,000万。2004年6月，公司更名为浙江海翔药业股份有限公司。