公司系经吉林市经济体制改革委员会以吉市改(1992)第50号及吉林省经济体制改革委员会以吉改(1992)第29号文批准，由吉林市制药厂、深圳经济特区房地产总公司、深圳投资基金管理公司三家企业法人发起，在原吉林市制药厂基础上改组成立的股份有限公司。

1999年6月，经“吉政函〖1999〗51号”和“财管字〖1999〗167号”批准，公司原第一大股东吉林市国有资产管理局将其持有的本公司国家股全部转让给吉林省恒和企业集团有限责任公司，后者成为公司第一大股东；1999年12月，公司原第二大股东天骥投资基金将其持有的本公司法人股全部有偿转让给吉林省明日实业有限公司，吉林省明日实业有限公司成为公司第二大股东。2000年3月公司更名为吉林恒和制药股份有限公司。