上世纪九十年代以来，人类基因组学、组合化学等新技术的发展，为新药研发带来了全新的思路和途径，被寄予厚望，但20年过去了，新技术的产出并不像人们所希望的那样。

在“中国生物医药发展峰会·2007北京”上，多位专家开始质疑，已被跨国公司推到极致的小分子化合物高通量筛选方法、基因组学方法等是否是效率最高、成本最低的方法，是否最适合我国国情，并认为传统的新药研发途径并没有过时。

中国工程院院士、军事医学院原院长秦伯益院士认为当前创新药研究存在三大误区：对基因组药物学的期盼过早，对中医药开发潜力指望太高，对传统的研发途径应用渐少。

秦伯益认为，“后基因组时代”的提法并不科学，功能基因组、疾病基因组、副基因、转录基因组等命名缺乏科学原则，也没有权威的机构来定义其含义，有炒作的嫌疑。他回顾了人类基因组学的发展道路：2000年测定了全部的DNA序列，7年过去了，今天人们能读懂和识别的基因只是其中的极少数；按照美国《自然》杂志2000年一篇文章的预测，要到2050年，人类才能确定所有基因的功能，要到2100年，才能确定基因变异与疾病的关系。秦伯益指出，按照2100年才能确定基因变异与疾病的关系，那么何时才能根据基因变异设计出药物还是一个未知数。

美国强生公司新药研发首席科学家、美中医药开发协会会长张汉承对秦伯益的观点表示赞同，并指出，不光在中国遇到新药研发效率低的问题，全球都对这个问题感到困惑。据张汉承介绍，传统的药物研发是先通过动物试验，筛选出安全有效的待选化合物，然后进行人体试验，最终可能成功研发出一种安全有效的药物，但不一定研究清楚其作用机理。运用基因技术，则是先大量在试管中研究，把原理弄清楚后才进一步开发，但经常遇到经试管研究得出的候选药物用在动物身上没有活性的情况。他认为，运用基因组学研发新药高投入、低产出的现象，一方面是由于过分依赖新工具、思想受到束缚，另一方面也因为艾滋病、癌症等确实难度非常大。“跨国公司也在调整研发方法。”张汉承说。

秦伯益担忧地指出，由于学术体制、研究人员职称评定体制等原因，现在没有人再坚持进行合成、采样、筛选、评价等传统的新药研发工作，新药研发的源头正在枯竭。“基因组学是过去传统方法的补充与发展，而不是取代，不应该放弃过去的经验和传统方法。药物普筛、综合筛选、天然物提取、定向合成、代谢研究、药理机制研究、利用毒副作用、老药新用等传统的新药研发途径并没有过时。”秦伯益强调。

对于中国企业来说，由于不具备高通量筛选这样的新技术条件，张汉承建议充分利用几千年积淀下来的天然药物资源进行新药研发。对于传统的中医药宝库，秦伯益亦认为确实有很多值得挖掘的东西。