缺乏支持创新的金融机制：中国政府虽然制定了优先发展科学和技术创新来推动国家发展的发展策略，但是政府并没有明确支持创新经济发展的经济机制。尽管政府投入数以百万计的资金支持生物高新产业发展和吸引大公司将现有成果商业化，但是由于相应机制缺乏和金融体系的不确定性，潜在的投资者望而却步。

绝大多数中国生物高新企业都是在经营生物仿制药，而并没有致力于创新R&D的发展。一些受访者说，他们缺少开发创新产品的技术能力，或者他们受困于没有财政来源来开发产品。由于发展环境恶劣，严重影响了本行业的发展，事实上，只有很少的企业在开发新药。一些坚持创新R&D发展的企业采用了一种混合式运作模式：首先，通过非创新产品和合同服务来获取利润以维持公司的生存；其次，在生存的基础上，支持R&D发展。但是，这种混合式运作模式会分散公司有限的资源，而且让西方风险投资者失去兴趣，因为一个明确的发展策略要比风险低的混合发展模式更具吸引力。当国内的生产厂家之间价格竞争愈演愈烈之时，利润空间被进一步压缩，直接导致越来越少的公司能够支持自身的R&D创新项目。

国际信任度不足：国际社会长期以来一直对中国生物科技产业持怀疑态度，但是近年这一态度有所缓和。几家跨国制药公司，如Eli Lilly和Roche，由于中国政府提供的机会进军中国，并建立了国内的基地。尽管取得了一些进展，但是几家中国公司声称他们有必要进一步建立国际合作关系和取得国际社会的信任。以提供服务作为其混合式运作模式内容之一的国内公司的主要首要目标客户是国际公司。但是吸引国外客户的主要障碍是信任不足，尤其是涉及到知识产权保护的问题时。还有一些其他的障碍，如语言、旅行、文化及项目管理模式等方面的差异。

国际合作是年轻的中国生物高新企业发展的关键因素。一些企业寻找国际合伙人的目的是增强高技术的能力，另一些企业则说他们寻找国际合伙人的目的是为了开发国际市场，国际合伙人能够指导法规批准程序或者提供资金完成法规批准。鉴于国际社会的支持对我国生物高新企业的重要性，一些企业建议中国政府应该建立一个交流项目以帮助小型的中国生物高新企业找到其在西方同行，促进合作和技术转让。

SFDA丑闻严重影响了SFDA在国际社会中的形象，使国际社会开始质疑中国市场上流通的上千种药品的合法性。

缺乏适宜的管理机制：虽然中国政府已经对推动本国生物科技行业的发展起到了重要作用，但同时政府还需要确保政策的持续性。例如，当一些研究干细胞的企业在等待国家解除对干细胞研究的限制政策时，它们的研究进展也随之停滞；另一个研发临床和医院使用的诊断试剂的公司也处于水深火热之中，因为它的顾客大多数都得依靠政府采购计划，但是这些计划中没有包含它们的产品。越来越多的中国公司正在转型为服务商，那么需要制定附加的项目和政策来支持这些公司，包括：加快进口必要设备和试剂的政策，减少海关关税和税金以及致力于产品发展的小型企业贷款（除了研究基金外）。

尽管在2001年中国参加了WTO后，政府从几个方面修订了知识产权法案以满足“与贸易有关的知识产权协定”的要求，并推动全国知识产权化。但是一些公司仍然没有能力负担保护IP的法律费用和在多个国家维护多个专利的费用。如今国家启动了一个项目以补助需要申请和维护专利的企业，但是政府需要启动更多的项目和政策以便在全球范围内保护中国的知识产权利益。IP的问题不仅仅包括法律和法规。现在，中国要增强其保护IP的能力需要采取的措施包括：精简国内手续，培养一定数量的律师和积累评估损失的案例和惯例。

拓展市场的实力薄弱：在绝大多数地区，现有的产品没有充分满足中国巨大内需市场的医疗需要。整个国家的卫生系统很脆弱，很多情况下，医生、设备和药品都不能到达农村或孤立地区。全国范围内，每1000人平均拥有1.5个医生。如果中国的生物公司要想解决这个问题，就要对市场的供需状况有清楚的认识。但精确的市场分析在中国几乎是不可能得到的，几个公司成立了研究院（独立于政府之外的机构），这些中心不仅仅能够收集数据，还能使这些数据可以为大家使用。

销售对小型中国生物高新企业来说也是一个巨大的困难。需要向病人解释新产品的好处和潜在危险，而推销结果的好坏取决于医学专家。但是通常情况下，在农村地区没有医学专家或医学专业人员。尤其是病人需要一名医生来全程指导用药的更为复杂的疾病，如HBV，这就成为一个更大的问题。拓展一个新产品的市场以及持续对新产品的支持和监管所需要的人力资源和资金资源对小型的中国生物高新企业来说是一个巨大的挑战。对于试图完全进入国际市场的中国公司，迫切希望锻炼它们对产品上市后的监管能力。

另一个小型的中国生物高新企业面临的挑战是如何解决开发创新生物产品的投入与国内市场能够承受的价格之间的不平衡。创新生物产品的价格往往很高，虽然中国经济持续发展，中产阶级比重增加，但是中国仍然是一个低收入国家。据官方统计，2004年医疗支出910亿美元，其中个人支出53.5%。中国公司不能以很高的价格销售在西方市场上很常见的产品。一种观点是：政府将个人负担不起的药品列入政府采购计划。但是，对中国政府来说，持续每年对创新生物产品数百万或数十亿美元的补助几乎是不可能的。